آیت‌الله خامنه‌ای کتاب‌خوانی حرفه‌ای است که هنگام مطالعه یادداشت‌برداری می‌کند. کتابخانه شخصی او با بیش از ۳۰ هزار جلد کتاب، حاصل جمع‌آوری شخصی و هدایای مؤلفان و ناشران است. تبحر او در کتاب‌شناسی، باعث شگفتی ناشران شده است. این علم‌اندوزی در حوزه‌های مختلف از جمله فلسفه، علوم عقلی و هنر، به او اجازه می‌دهد تا با دید کارشناسانه و دقیق صحبت کند و از این نظر، او را در میان مسئولان فرهنگی بی‌نظیر می‌دانند.
آیت‌الله خمینی غرق در مطالعه بود و در اتاقش پشت انبوه کتاب‌ها یافت می‌شد. او با تبحّر زیاد، کتب تاریخی و داستان‌های سیاسی-اجتماعی معروف، مانند «نگاهی به تاریخ جهان» نهرو و «شوهر آهو خانم» را پیش از انقلاب مطالعه کرده بود. آمادگی برای نماز و تدریس، او را از غرق شدن در کتاب باز می‌داشت.
آیت‌الله خمینی با شبهات مارکسیستی از طریق درک مستقیم آنها مقابله می‌کردند، بر استفاده از منابع اسلامی در محتوای فرهنگی تأکید داشتند و با نگارش “کشف‌الاسرار” از اسلام در برابر توهین‌ها دفاع نمودند