ایشان از ابتدای انقلاب و به‌ویژه در دوران جنگ، مردم و مسئولین را به تکیه بر متخصصان داخلی و توسعه‌ی مراکز علمی و تحقیقاتی تشویق می‌کردند. ایشان معتقد بودند که دانشگاه‌ها، به عنوان مغز متفکر ملت، باید از وابستگی به شرق و غرب رها شده و اسلامی شوند.
این متن حکایتی از تعامل آیت‌الله خامنه‌ای با شهید سید محمدباقر حکیم در دوران پس از سقوط صدام و تسلط آمریکا بر عراق را بازگو می‌کند. زمانی که شهید حکیم قصد بازگشت به نجف را داشت، آیت‌الله خامنه‌ای به او توصیه کرد که از قدرت آمریکا نترسد و تاکید کرد که آمریکایی‌ها حقیرند و باید از عراق خارج شوند. شهید حکیم با ابراز تعجب از این اطمینان خاطر، به تهدیدات آمریکا علیه ایران اشاره کرد. آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ، دلیل این اطمینان را اتکا به خداوند دانست و بیان کرد که با وجود شناخت از قدرت و وحشی‌گری آمریکا، اتکا به خدا باعث آرامش و عدم ترس می‌شود.
پس از شکست کودتای ۲۴ مرداد ۱۳۳۲، محمدرضا پهلوی با وحشت شدید، ثریا را برای فرار فوری از ایران به مقصد عراق از طریق رامسر و هواپیما بیدار کرد. در شتاب خروج، شاه ثریا را فراموش کرد و هواپیما مجبور به بازگشت شد، که ثریا در نهایت با عجله وارد آن شد و ناخواسته بر اسلحه شاه نشست. این رویداد، اوج اضطراب شاه، پیامدهای شکست کودتا و لحظات پرمخاطره ترک کشور را به تصویر می‌کشد.