عطاءالله مهاجرانی، از مخالفان جمهوری اسلامی، پاکدستی آیتالله خامنهای و بستگانش را تأیید کرده است. خامنهای علاوه بر پرهیز از فساد، با نفوذ آن در دستگاه حکومتی نیز مبارزه میکند. او در نامهای به همایش ملی مبارزه با فساد، ضمن تحسین اهتمام مسئولان، خواستار اقدامات قاطع و عملی بدون ملاحظه شد.