وقتی در سال ۱۳۱۲ عازم سفر حج شد، در بین راه، برای همسرش نامه نوشت: «تصدّقت شوم؛ الهی قربانت بروم، در این مدّت که مبتلای به جدایی از آن نور چشم عزیز و قوّت قلبم گردیدم، متذکّر شما هستم و صورت زیبایت در آئینهی قلبم منقوش است. عزیزم، امیدوارم خداوند شما را به سلامت و خوش در پناه خودش حفظ کند. [حالِ] من با هر شدّتی باشد، میگذرد؛ ولی بحمدالله، تاکنون، هرچه پیش آمد، خوش بوده و الآن در شهر زیبای بیروت هستم؛[۱]حقیقتاً جای شما خالی است. فقط برای تماشای شهر و دریا خیلی منظرهی خوش دارد. صد حیف که محبوب عزیزم همراه نیست که این منظرهی عالی به دل بچسبد. […] ایّام عمر و عزّت مستدام. تصدّقت، قربانت؛ روحالله.»[۲]
او به همسرش بسیار علاقه داشت. هرگز با همسرش به تندی صحبت نمیکرد؛ در اوج عصبانیت، به او بیاحترامی نمیکرد؛ برای نشستن، جای بهتر را به او تعارف میکرد؛ پیش از آمدن او به سر سفره، خوردن غذا را شروع نمیکرد؛ در امور شخصی همسرش مثل خریدن لباس، تا آنجا که ترک واجبات و انجام محرّمات نبود، دخالت نمیکرد؛ فرزندانش را به نگهداشتن حرمت همسرش توصیه میکرد؛[۳] کار منزل را وظیفهی همسرش نمیدانست و راضی نبود او دست به سیاه و سفید بزند؛ حتّی برای آوردن یک چایی.[۴] با همهی اینها، همیشه به همسرش میگفت: «از من راضی باش. من خیلی در حقّت بدی کردهام.» [۵] آیتالله خمینی با خانواده و به ویژه همسرش، خانم خدیجه ثقفی بسیار مهربان و متعهّد بود.