در زمان حیات آیت‌الله بروجردی که شبهات الحادی و کمونیستی مارکسیست‌ها جولان داشت، پیشنهاد کرده بود: «من معتقدم آقای بروجردی لازم است چند نفر مارکسیست و کمونیست از شوروی دعوت کنند به ایران بیایند و در قم مدّتی اقامت کنند و از سهم امام علیه‌السلام به آنها حقوق بدهند، تا ما شبهات اصلی آنها را در برابر اسلام بر اساس الحادی که دارند، از خودشان بشنویم و در برابر آن شبهات، خودمان را مجهّز کنیم و پاسخ‌گوی اشکالات آنها باشیم.»[۱]
او جلوی انحراف می‌ایستاد، به گونه‌ای که وقتی از کانون پرورش فکری کودکان و نوجوانان در مورد خرید کتاب‌هایی که ناشر یا مؤلف یا مترجم آنها غیرمسلمان باشد، از او پرسیدند، او گفت: «حتّی‌الإمکان از کتاب‌هایی که مسلمانان نوشته‌اند، استفاده شود و چنان‌چه لازم بود و کتابی خیلی خوب بود، به شرط آن که تأیید غیرمسلمین نشود، اشکال ندارد.»[۲]
آیت‌الله خمینی کتاب «کشف‌الأسرار» را هم در ردّ کتاب «اسرار هزار ساله» نوشت که در آن روزگار، منتشر شده و به اسلام اهانت کرده بود.[۳]